考えられる意味は2点です。
Webアニメ2期で起きた赤い月事件の名残
前述した通り、赤い月事件は地球に赤い月が落ちてくるという事件です。
地球に衝突一歩手前まで赤い月は近付いていましたが、マナの手で破壊されました。
破壊された赤い月の残滓が地面に落ち、旧東京下に月の穢れとして残っていたのではないでしょうか。
旧東京が出来た過程は、月の穢れを剥がそうと考えたモンスターと政府との間に交わされた政策です。
赤い月事件の名残を完全に削除するために起きた災害といえるでしょう。
Webアニメ2期でミロクが予想していた未来
Webアニメ2期でミロクは、レンがマナを助けた未来を見せる場面がありました。
そこには多くの建物が崩壊した東京の光景があり、この光景は本作の旧東京の風景に近しい部分があります。
ミロクが言っていた通りの状況を、旧東京で実現させてやろうという制作者の意図ではないでしょうか。
Webアニメ2期では、最終的にマナが助かってレンの元に戻ってくるような描写がありました。
この映画では伏線回収の形で災害を起こした体にしたのかもしれません。
カナタの父親は誰なのか
本作の主人公・カナタは、母親がWebアニメ2期のヒロイン・マナであることが分かりますが、相手は誰なのでしょうか。
劇中は父の存在が語られなかったので、ここで考察してみましょう。
Webアニメ版主人公のレンが最有力
Webアニメ2期で出会った2人の関係性を見ていれば想像は容易でしょう。
外国から転校してきて新しい環境が不安だった彼女はレンに好意を抱き、彼は命懸けでマナを助け出しました。
Webアニメ2期最終回の最後で、レンが通う高校にマナが転校するような場面で終わりを迎えています。
端から見ても相思相愛であったことが分かる2人の関係性を考えると、レンが父親である可能性は高いです。
Webアニメから登場している明の存在もありますが、彼はカナタからおじさんと呼ばれている様子から父親と判断するのは難しいでしょう。
レンはどこに行ったのか
カナタの父親がレンであると仮定した場合、彼はどこに行ってしまったのでしょうか。
考えられる可能性は、世界中のどこかです。
彼の父親はドラゴンを研究する考古学者で、レン自身も好奇心旺盛な一面を持っていると考えられます。
本作が始まる前、月の穢れが旧東京の下にあることを知ったレンは、マナに負担をかけない手段を探しに行ったのかもしれません。